Hoe om die omgekeerde komplement van `n dna-volgorde te vind

Die omgekeerde aanvulling van `n DNA-volgorde dui op die inhoud van die teenoorgestelde strand in `n DNA-molekuul. DNA molekules word as sodanig gebou omdat elke nukleotied `n aanvullende nukleotied op die ander string het waaraan `n nie-kovalente binding bestaan.

Stappe

Metode 1 van 2:
Met die hand
  1. Beeld getiteld 7115146 1
1. Spoor deur die volgorde agteruit, vanaf die laaste nukleotied in die ry.
  • Beeld getiteld 7115146 2
    2. Soos jy oor elke nukleotied gaan, voeg sy komplementêre nukleotied by die volgende reël, begin die aangevulde string van die linkerkant van die bladsy. Onthou, Guanine (G) bindings aan sitosien (C) en adenien (a) effekte aan thymien (t).
    • Metode 2 van 2:
    Programmaties (Python 2)
    1. Beeld getiteld 7115146 3
    1. Skep of aanvaar `n insetlêer. Hierdie artikel aanvaar dat die inset in is Fasta formaat, met `n enkele ry per lêer. Die volgende stappe neem ook aan dat alle nukleotiede ATGC basisse is.
  • Beeld getiteld 7115146 4
    2. Lees in die lêer. Vir Fasta-formaat:
  • Gooi die eerste reël van die lêer weg.
  • Verwyder alle oorblywende Newlines en ander Trailing Whitespace.
    • defin (volgorde): met oop (argv [1]) as insette: volgorde = "".Sluit aan by ([Lyn.strook () vir lyn in insette.Readlines () [1:]]) Wys volgorde
  • Beeld getiteld 7115146 5
    3. Skep `n hash-tabel wat elke nukleotied na sy komplement kaarteer.
    komplement = {`a`: `t`, `c`: `g`, `g`: `c`, `t`: `a`}
  • Beeld getiteld 7115146 6
    4. Itereer deur die volgorde en gebruik `n hash tabel opkyk om die komplementêre volgorde te bou. Keer die gevolglike vektor om.
    def review_complement (seq): basisse = [komplement [basis] vir basis in seq] basisse = omgekeer (basisse) terugkeer basisse
  • Beeld getiteld 7115146 7
    5. Druk die inhoud van die vektor af.=
    Resultaat = Reverse_Complement (Seq) Print ``.Sluit aan (gevolg)

    • Wenke

    As u die omgekeerde komplement met die hand bereken, moet u seker maak dat u dubbel kontroleer! Dit kan maklik wees om `n basispaar te mis of die verkeerde komplement te gebruik, veral as jy `n lang ry op papier lees.
    Deel op sosiale netwerke:
    Soortgelyk