Hoe om die gc-inhoud van `n dna-volgorde te bepaal

Die Guanine-sitosieninhoud, of GC-inhoud, van `n DNA-volgorde, dui op die persentasie nukleotiedbasispare waar Guanine aan sitosien gebind is. DNA met `n hoër GC-inhoud sal moeiliker wees om uitmekaar te breek.

Stappe

Metode 1 van 2:
Met die hand
  1. Beeld getiteld 7114843 1
1. Spoor deur die volgorde en tally die aantal sitosien (C) of guanien (g) nukleotiede.
  • Beeld getiteld 7114843 2
    2. Verdeel die aantal sitosien en guanien nukleotiede volgens die totale aantal basispare in die volgorde.
    • Metode 2 van 2:
    Programmaties (Python 2)
    1. Beeld getiteld 7114843 3
    1. Skep of aanvaar `n insetlêer. Hierdie artikel aanvaar dat die inset in is Fasta formaat, met `n enkele ry per lêer.
  • Beeld getiteld 7114843 4
    2. Lees in die lêer. Vir Fasta-formaat:
  • Gooi die eerste reël van die lêer weg.
  • Verwyder alle oorblywende Newlines en ander Trailing Whitespace.
    • defin (volgorde): met oop (argv [1]) as insette: volgorde = "".Sluit aan by ([Lyn.strook () vir lyn in insette.Readlines () [1:]]) Wys volgorde
  • Beeld getiteld 7114843 5
    3. Skep `n toonbank. Itereer deur die data en verhoog jou toonbank as jy enige guanien of sitosien nukleotiede ervaar.
    • 4
    def Gccontent (volgorde): gccount = 0for letter in volgorde: as letter == "Heid g" of letter == "C": Gccount + = 1return Gccount
  • Beeld getiteld 7114843 6
    5. Verdeel die GC-telling deur die totale lengte van die volgorde, en voer die resultaat in persentasieformaat uit.
    • 6
    def Hoof (): Script, Input = argadence = ""Volgorde = Init (Sequence) Print "%.2F" % (float (gccontent (volgorde)) / len (volgorde))

    Wenke

    As u GC-inhoud met die hand bereken, moet u seker maak dat u dubbel kontroleer! Dit kan maklik wees om te misplete, veral as jy `n lang ry op papier ontleed.
    Deel op sosiale netwerke:
    Soortgelyk